Des sections d'échantillonnage doivent être mises en place aux deux extrémités de la portée de l'enquête, et des sections d'échantillonnage doivent être mises en place dans les eaux situées à proximité des sujets de protection visés dans la portée de l'enquête. Des sections d'échantillonnage devraient être mises en place aux endroits où les caractéristiques hydrologiques sont mutées (p. ex., aux points d'entrée des affluents), aux endroits où la qualité de l'eau est saccadée (p. ex., aux points d'évacuation des eaux usées), à proximité des ouvrages hydrauliques prioritaires (p. ex., prises d'eau, ponceaux de pont), à proximité des stations hydrologiques, etc., en tenant dûment compte des autres endroits où des prévisions de la qualité de l'eau sont nécessaires.