Le rôle du système de vide est d'évacuer les gaz et l'air incondensables extraits du piège froid pour établir un degré de vide qui peut maintenir le taux de sublimation de l'article. Le vide élevé réduit efficacement la résistance au flux de vapeur d'eau, tout en évitant l'oxydation pendant le séchage en raison de l'absence d'air.

Lors de la lyophilisation sous vide, la pression à l'intérieur du piège à froid n'est pas plus faible, mieux c'est, mais doit être contrôlée dans une certaine gamme. Une faible pression favorise bien sûr la sublimation de la glace à l'intérieur du produit. Mais parce que la pression est trop faible pour le transfert de chaleur, le produit n'est pas facile à obtenir de la chaleur, le taux de sublimation est plutôt réduit.

Lorsque la pression est trop élevée, le taux de sublimation de la glace à l'intérieur du produit ralentit, de sorte que la température du produit lui - même augmente, lorsqu'elle est supérieure à un certain degré, le produit fondra, provoquant un échec de lyophilisation.