Les méthodes d'analyse phénotypique basées sur l'image, telles que l'analyse cell painting largement utilisée, utilisent l'imagerie à haute connotation et la sortie multiparamétrique pour étudier les perturbations biologiques, génétiques et chimiques dans les cellules. Cette approche de plus en plus populaire est appliquée dans tout, des projets de découverte de médicaments aux études de dépistage génomique. Dans l'expérience standard cell Painting, divers organites et structures (noyau, cytoplasme, mitochondries, Golgi, Réticulum endoplasmique, Cytosquelette, ARN cytoplasmique et nucléole) ont été prélevés dans 5 canaux d'imagerie. Cette large gamme de coloration cellulaire permet de surveiller et de quantifier les perturbations de plusieurs Morphologies avec une résolution unicellulaire. Les limites de l'analyse publiée de cell painting comprennent une disponibilité étroite de colorants appropriés et une capacité suffisante de séparation spectrale fournie par le système d'imagerie. Plus précisément, le corps de Golgi et l'actine sont imagés par le même canal, ce qui pose un défi pour différencier les deux structures dans l'analyse d'images. Cette limitation peut interférer avec le choix du hit ou masquer l'effet de certains composés, en particulier ceux ayant un mécanisme d'action (MOA) qui affecte le corps de Golgi (voie de biosynthèse) ou le réseau cytosquelettique.