L'électrophorèse capillaire (CE) est une technologie de séparation de phase liquide utilisant un champ électrique à courant continu à haute tension comme force motrice et un capillaire comme canal de séparation, dont le principe de base permet une séparation efficace basée sur la différence de vitesse de déplacement des particules chargées dans le champ électrique. Dans un système d'électrophorèse capillaire, les capillaires en quartz de 20 à 200 µm de diamètre interne sont remplis de tampon et, lorsqu'une haute pression de 10 à 30 kV est appliquée, les particules chargées migrent sous l'action d'un champ électrique dont la vitesse de migration est déterminée conjointement par la fluidité électrophorétique (liée à la charge moléculaire, à la taille) et l'électroosmose (EOF). Le flux électro - osmotique, issu de la charge négative générée par la dissociation silico - hydroxyle de la paroi interne du capillaire, attire les cations dans le tampon pour former une double couche électrique qui pousse le liquide dans son ensemble vers la cathode sous haute pression, à une vitesse généralement supérieure d'un ordre de grandeur à la fluidité électrophorétique, devenant le principal moteur de la séparation. Les particules chargées positivement sortent en premier en raison de la co - migration avec le flux électroosmotique, les particules neutres sortent en second, les particules chargées négativement sortent en dernier, ce qui permet la séparation des composants.