Le laboratoire de microbiologie comprend généralement trois zones: la zone de nettoyage, la zone d'exploitation et la zone stérile, qui peuvent être divisées en plusieurs salles telles que la salle de préparation, la salle de culture, la salle de germination, la salle de désinfection, la salle stérile, etc. Laboratoire de microbiologie la composition et la taille des laboratoires varient considérablement selon le domaine d'expertise (protection de l'environnement, alimentation, médicaments, médecine, etc.) et la nature (enseignement, production, recherche scientifique, tests, etc.).