Système de préparation d'échantillons de séquençage génétique - samplix Single Cell Analysis

Gene Sequencing Sample Preparation System - samplix Single Cell Analysis est un instrument polyvalent et convivial pour la préparation de cellules vivantes de mammifères ou de micro - organismes, d'organites cellulaires, d'ADN ou d'autres matériaux biologiques pour des analyses en aval à haute résolution. Monomolécule, cellules, organites, encapsulation de nanoparticules et tri à haut débit peuvent être réalisés. L'encapsulation de l'ADN permet de cribler de grandes banques de gènes complexes à la vitesse de Qian Suo Wei You.

Préparateur de banque de gènes haute fidélité

Système de préparation d'échantillons de séquençage génétique - samplix Single Cell Analysis: un système d'encapsulation et de tri à haut débit de gouttelettes émulsifiées unicellulaires, monomoléculaires et nanoparticules

Wei YiMonomolécule, cellules, organites, encapsulation de nanoparticules et tri à haut débit peuvent être réalisés. L'encapsulation de l'ADN permet de cribler de grandes banques de gènes complexes à la vitesse de Qian Suo Wei You.

XdropType de préparation

Système de préparation d'échantillons de séquençage génétique - samplix Single Cell AnalysisEst un instrument polyvalent et convivial pour la préparation de cellules vivantes de mammifères ou de micro - organismes, d'organites cellulaires, d'ADN ou d'autres matériaux biologiques pour des analyses en aval à haute résolution.

Grâce à notre Kit xdrop, xdrop encapsule rapidement et en toute sécurité des cellules vivantes, des organites ou des fragments d'ADN, ainsi que des produits chimiques de dosage, dans des gouttelettes bi - émulsionnées de volume picolitre hautement stables. Ces gouttelettes sont stables par pipetage, vortex, incubation, cytométrie en flux, tri et même stockage à long terme. Plus important encore, les cellules peuvent être récupérées à partir des gouttelettes pour l'amplification.

Avec les techniques d'analyse appropriées, les applications xdrop comprennent:

1 cellules immunitaires humaines, cellules NK

2 sécrétion enzymatique de cellules microbiennes

3 Cytokines sécrétées par les cellules de mammifères

4 Vérification de l'édition de gènes, y compris l'évaluation des réarrangements accidentels sur cible et hors cible

Avec xdrop, il est plus facile pour les chercheurs de mieux comprendre la fonction cellulaire et la génomique des humains, des animaux, des plantes et des micro - organismes. Xdrop peut également générer des gouttelettes d'émulsion unique pour d'autres flux de travail, y compris l'encapsulation de l'ADN pour une amplification du génome entier sans biais. Nous fournissons une gamme complète de réactifs, kits et accessoires nécessaires pour xdrop. De plus, la formation des utilisateurs fait partie de notre service d'installation standard xdrop.

avantage

1 xdrop peut envelopper des cellules vivantes de mammifères ou de microorganismes dans des gouttelettes bi - émulsion hautement stables pour la détermination fonctionnelle, l'incubation, l'analyse phénotypique et le criblage.

2 xdrop aide à répondre aux questions clés de la recherche sur les cellules conçues et la thérapie génique.

3 xdrop prend en charge les Workflows d'Ingénierie moléculaire, y compris l'évolution enzymatique et l'ingénierie des voies.

4 xdrop dispose d'une interface conviviale et d'un encombrement réduit, ce qui permet à chaque laboratoire de biologie moléculaire d'utiliser les fonctions * de la microfluidique.

Kit émulsifiant double couche

Tous les réactifs sont inclus dans le kit et peuvent encapsuler des millions de cellules ou de molécules par opération.

Trier XdropPréparation de sous - types

Ce nouveau membre de la famille xdrop peut générer et trier des gouttelettes de double émulsion dans un flux de travail convivial qui ne nécessite aucune expérience dans le tri cellulaire par fluorescence.

Le flux de travail commence par la capture de fragments d'ADN de 100 KB, de petites cellules monocellulaires ou d'autres Biomatériaux dans des gouttelettes hautement stables pour des essais tels que la PCR et l'évaluation de l'activité enzymatique. Les gouttelettes sont ensuite triées en fonction de la fluorescence de ce qu'elles contiennent à l'intérieur des gouttelettes pour ne prélever que les échantillons d'intérêt pour une analyse aval haute résolution, par example:

Crispr Edit pour vérifier qu'il n'y a pas de déviations PCR cachées pour les réarrangements accidentels

Identification des sites d'intégration virale et transgénique

Évaluation de l'activité enzymatique au niveau unicellulaire

Effectuer un filtrage GFP à haut débit

Avantages:

· capable d'enrichir de manière ciblée de longs fragments

· haute sensibilité - détection d'une seule molécule

· préserver l'intériorité de l'ADN

· presque aucune connaissance préalable de séquence requise

· compatible avec le séquençage pacbio, nanopore et illumina

· configuration facile par système microfluidique automatique

· réduction du délai d'exécution de plusieurs semaines à plusieurs jours

Application:

· changements structurels

· Échantillons complexes (p. ex. biopsie du cancer)

· zones difficiles à séquencer (riches en GC, par exemple)

· fermeture des lacunes génomiques

· génotypage / génotypage haploïde

· lier les gènes de résistance à l'hôte

· séquençage des zones de faible abondance

· Évaluation des zones de répétition

· Échantillons contenant uniquement du nanodna

Matériaux auxiliaires

1, cartouche de50 - pour envelopper les cellules de mammifères dans des gouttelettes de double émulsion

Produire des gouttelettes hautement stables ~ 100 picolitres de double émulsion pour encapsuler les cellules de mammifères, transformant les grandes cellules en tests unicellulaires. Le flux de travail utilisant xdrop de50 Cartridge comprend la sécrétion de Cytokines et les tests de destruction cellulaire. Il suffit de charger le réactif et l'échantillon, de mettre le kit dans xdrop et d'exécuter le programme.

Exécuter 8 échantillons simultanément ou séparément

Produire jusqu'à 500 000 gouttes par piste en 8 minutes incuber les gouttes avec des cellules dans un incubateur CO 2

Restaurer les cellules sélectionnées pour l'expansion

2, de20 cartouche - pour envelopper des cellules microbiennes, organites ou de longs fragments d'ADN dans des gouttelettes d'émulsion double

Des gouttelettes bi - émulsionnées très stables d'environ 1,5 picolitre ont été produites à l'aide de colonnes indépendantes de xdrop de20 pour encapsuler des millions de cellules microbiennes, d'organites ou d'ADN. Chaque goutte agit comme un compartiment pour la détermination de la résolution unicellulaire ou l'enrichissement ciblé de l'ADN. Il suffit de charger le réactif et l'échantillon, de mettre le kit dans xdrop ou xdrop sort et d'exécuter le programme.

Exécuter 8 échantillons simultanément ou séparément

Produire jusqu'à 10 millions de gouttelettes par voie en 45 minutes incuber les gouttelettes avec des cellules dans un incubateur CO 2

Restaurer les cellules sélectionnées pour l'expansion assurer un flux de travail sans pollution

3, de20 boîte de tri - pour trier les gouttelettes de double émulsion contenant de l'ADN ou de petites cellules

Les gouttelettes bi - émulsionnées contenant de l'ADN Fluorescent ou de petites cellules sont triées à l'aide de la nouvelle cassette de tri xdrop de20. Ce système convivial a été spécialement conçu pour être utilisé avec notre nouvel instrument, le xdrop sort, et ne nécessite aucune expertise dans les trieurs de fluorescence. Il suffit de charger le réactif et l'échantillon, de mettre le kit dans xdrop sort et d'exécuter le programme de tri.

Exécuter jusqu'à 8 échantillons simultanément Trier des milliards de gouttelettes par jour assurer un flux de travail sans pollution

4, cartouche d'encre se85 - pour envelopper l'ADN, l'ARN, les organites ou les petites cellules dans une seule goutte d'émulsion

Créez une seule goutte d'émulsion pour encapsuler des millions de molécules, organites ou cellules à l'aide de cartouches xdrop se85 indépendantes. Chaque goutte agit comme un compartiment pour la détermination de la résolution monomoléculaire ou unicellulaire. Il suffit de charger le réactif et l'échantillon, de mettre le kit dans xdrop ou xdrop sort et d'exécuter le programme.

Exécuter 8 échantillons simultanément ou séparément

Produire plus de 50 000 gouttes par piste en 40 secondes assure un flux de travail sans pollution

Application

La technologie microfluidique exclusive utilisée par xdrop permet de générer des gouttelettes hautement stables, bi - émulsionnées et mono - émulsionnées, destinées à encapsuler des Biomatériaux.

Cet instrument polyvalent et convivial encapsule des éléments constitutifs de la vie, tels que des cellules vivantes de mammifères et de microorganismes, ou de longs fragments d'ADN, à diverses fins en aval, notamment l'incubation, l'analyse, la classification et l'analyse du spectre moléculaire.

Xdrop sort s'appuie sur la technologie microfluidique propriétaire de xdrop pour augmenter la capacité de tri Fluorescent des gouttelettes de double émulsion à base de biomatériaux encapsulés.

Voici quelques applications représentatives.

Analyse fonctionnelle des cellules:

· cellules immunitaires humaines, cellules NK

· sécrétion enzymatique de cellules microbiennes

· sécrétion de Cytokines par des cellules de mammifères

Applications génomiques:

· changements structurels

· Échantillons complexes (p. ex. biopsie du cancer)

· zones difficiles à séquencer (riches en GC, par exemple)

· fermeture des lacunes génomiques

· génotypage / génotypage haploïde

· lier les gènes de résistance à l'hôte

· séquençage des zones de faible abondance

· Évaluation des zones de répétition

· Échantillons contenant uniquement du nanodna

Applications en génomique végétale:

· régions génomiques spécifiques enrichies en variétés végétales

· révéler la structure des grappes de gènes biosynthétiques chez les variétés d'orge sans génome de référence

· combler les lacunes dans la structure des grappes de gènes biosynthétiques chez les variétés de tomates

Exemples d'applications:

1Amplification précise du génome entier

En fait, 99% du génome cible est couvert plus d'une fois par des lectures séquentielles de la bibliothèque.

Amplification des gènes avec la technologie xdrop DMDA, amplification fidèle et précise de tous les gènes, même avec des entrées aussi faibles que 1 pg.

Phasing génétique

L'allèle Cyp2d6 * 7 contient 1 Polymorphisme nucléotidique unique (SNP), tandis que Cyp2d6 * 25a contient 22 SNP.

La technologie xdrop est capable de mesurer avec précision les 23 variantes, y compris Phasing (voir image ci - dessous).

Xdrop prend en charge les applications avec une conception simple et la capture indirecte de séquences de longs fragments d'ADN (~ 100 KB). Combiné à un long séquençage à lecture longue, xdrop surmonte les difficultés de phasage génétique dans un seul échantillon hétérogène génétique.

La haute fidélité de l'enrichissement permet la détection d'un ou plusieurs SNP dans les allèles et permet l'assemblage de novo pour résoudre les changements structurels.

3 - Surveiller les changements structurels génétiquement complexes

Une analyse détaillée des lectures à travers les points d'arrêt a révélé la présence de plusieurs sites d'intégration hpv18 dans la région sur le Chromosome 8. Les ensembles de données pacbio, Oxford nanopore et illumina prennent en charge les sites d'intégration identifiés.

La technologie xdrop est une nouvelle méthode d'enrichissement ciblé de l'ADN qui se distingue par la possibilité de sélectionner, d'enrichir et de séquencer des fragments d'ADN naturels. Cela permet d'enrichir une grande partie du génome (environ 100 KB), y compris des régions inconnues. Avec xdrop? Les longs fragments générés par la méthode ne sont pas seulement adaptés au séquençage en lecture longue, mais peuvent également fournir des informations contextuelles précieuses pour le séquençage en lecture courte.

Séquençage de régions d'intérêt inconnues (roi)

La PCR et les méthodes d'enrichissement d'ADN ciblées par sonde nécessitent une optimisation intensive de la conception et une connaissance complète de la région d'intérêt (roi). Ces méthodes traditionnelles ont également échoué à caractériser des environnements génomiques complexes (par exemple, régions répétées, variations structurelles, régions riches en GC) et des régions inconnues et réarrangées. Pour surmonter ces limitations, samplix a développé une nouvelle approche microfluidique, un Workflow enrichi en xdrop basé sur la capture de séquence indirecte.

Xdrop peut enrichir de longues régions (~ 100 KB) d'ADN cible nécessitant la conception d'une seule paire d'amorces sur la séquence de détection, correspondant à une petite partie du roi ou à une région flanquée. Cet amplicon est spécialement conçu pour la détection, la sélection et l'enrichissement de roi pleine longueur, pour la capture et le séquençage.

Avec xdrop? La capacité de la technologie à résoudre ces régions difficiles ouvre la porte à la résolution de nombreuses autres régions difficiles qui peuvent représenter une grande partie du génome. La combinaison de l'enrichissement xdrop avec des techniques de séquençage à lecture longue et courte peut fournir la haute résolution nécessaire pour résoudre des scénarios génomiques complexes de manière rapide et économique, en contournant le séquençage du génome entier.

5, identifier et confirmer les opérations d'édition de gènes crispr

Grâce à une conception simple et à la capture indirecte de séquences de longs fragments d'ADN, xdrop aide à identifier des sites d'insertion transgénique souvent difficiles à trouver et coûteux.

L'intégration aléatoire dans les constructions et la présence de séquences génomiques hôtes compliquent l'identification des sites d'intégration. Xdrop rend la validation de l'ingénierie génomique simple et claire.

Processus expérimental

1, mélange de réactifs dpcr

L'ADN est ajouté au mélange réactionnel dpcr contenant les PRI - mers spécifiques de la cible.

2, production de gouttelettes sur feuille

La réaction est répartie sur une puce génératrice de gouttes pour produire des gouttelettes de liquide eau dans eau (de).

3, réaction en chaîne de polymérase micro - goutte à haute résolution

Les gouttelettes subissent un cycle thermique et peuvent exécuter des millions d'opérations PCR - re en parallèle. En détectant les gouttelettes fluorescentes, il est possible d'identifier les gouttelettes qui portent la molécule d'ADN cible.

4, comptage et séparation des gouttelettes

La détection et l'isolement sont effectués à l'aide d'un appareil de tri cellulaire (FACS), qui peut collecter des gouttelettes PCR positives contenant des molécules d'ADN cibles.

5, amplification de l'ADN enrichi

Les monomolécules enrichies de longs fragments d'ADN sont amplifiées par amplification Multi - déplacement de gouttelettes (DMDA) pour assurer une amplification d'ADN non biaisée et une couverture uniforme de la région cible.

Références

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3. Caractérisation de l'expansion répétée FMR1 et des variantes intragènes par séquence indirecte capture Valentina Grosso, Luca Marcolungo, Simone Maestri, etc.

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4. Génération et analyse de modèles de souris innovants génomiquement humanisés de knockin SOD1, TARDBP (TDP-43) et FUS Anny Devoy, Georgia Price, Francesca De Giorgio, etc.

iScience. 2021. 24(12): 103463; doi: 10.1016/j.isci.2021.103463

5. Les suppressions CRISPR/Cas9 induisent des effets génomiques défavorables sur la cible conduisant à l ' ADN fonctionnel dans les cellules humaines Keyi Geng, Lara Garcia Merino, Linda Wedemann, etc.

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6. Alt-RPL36 réduit la voie de signalisation PI3K-AKT-mTOR en interagissant avec TMEM24 Xiongwen Cao, Alexandra Khitun, Yang Luo, etc.

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8. Vérification de l'édition CRISPR et de la recherche d'inserts transgènes par capture de séquence indirecte Xdrop suivie de séquençage à lecture courte et longue Blondal Thorarinn, Gamba Cristina, Jagd Lea M? eller, etc.

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9. Xdrop: Séquençage ciblé de molécules d'ADN longues à partir d'échantillons à faible entrée en utilisant le tri par gouttelettes Madsen EB, H? ijer I, Kvist T, etc.

2020 septembre; 41(9):1671-1679. doi: 10.1002/humu.24063. Epub 2020 29 juin. PMID: 32516842; PMCID : PMC7496172.

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Lettre d'autorisation de l'agent d'usine samplix: