Services techniques ribo - seq

Services techniques ribo - seq

Principes techniques

Les protéines sont les principaux porteurs des activités de la vie, et la régulation de la traduction est à son tour un moyen important de régulation intracellulaire. La traduction, le processus par lequel les Ribosomes lisent des modèles d'ARNm pour guider la synthèse des protéines, est une étape clé dans l'expression des gènes. Le processus de traduction est strictement réglementé et de nombreuses maladies sont associées à des anomalies de la traduction, telles que les maladies neurodégénératives, l'anémie et les troubles du développement. Bien que la structure et la fonction des Ribosomes soient étudiées de manière approfondie, les mécanismes de régulation du processus de traduction doivent encore être étudiés en profondeur.

Le séquençage des empreintes ribosomiques (ribosome profiling)Ribo-séq), capable de détecter en détail l'état de la traduction dans le corps.Ribo-séqLe noyau technique est la reconnaissance de l'ARNm lié au ribosome et d'environ 30 nucléotides en cours de traduction. Le séquençage des fragments d'ARNm liés aux Ribosomes permet d'enregistrer avec précision l'emplacement des Ribosomes pendant la traduction. Mettre le Transcriptome avecRibo-séqL'analyse conjointe des données permet de calculer le taux de synthèse des protéines.

Caractéristiques techniques

Ribo-séqCapable de révéler quand, où, où les protéines sont synthétisées, quelles protéines sont synthétisées et les mécanismes de régulation de la synthèse des protéines.Ribo-séqLe pont entre le Transcriptome et la protéomique a été largement utilisé dans la recherche animale, végétale et microbienne pour révéler les mécanismes de régulation de la croissance et du développement, de la construction morphologique, de l'apparition de maladies et de la réponse au stress de l'adversité.

Direction d'application

Ribo-séqApplication à l'étude de l'activité translationnelle des transcriptions, l'identification des sites d'initiation de la traduction, les positions ORF et les mécanismes de régulation de la traduction des protéines.

Ribo-séqLa technologie a été largement utilisée dans l'étude des animaux, des plantes et des micro - organismes pour révéler les mécanismes de régulation de la croissance et du développement, de la construction morphologique, de l'apparition de maladies et de la réponse au stress de l'adversité. En dernier analyse,Ribo-séqPeut détecter l'état de traduction des protéines au niveau du génome, obtenir des informations sur les séquences d'ARNm en cours de traduction et analyser les mécanismes de régulation de la traduction.

Avantages de blueview koschen

Le cycle expérimental est rapide, de haute qualité et les résultats sont stables et fiables.

Riche expérience des espèces.

Services techniques ribo - seqProcessus expérimental

Analyser le contenu

Analyse standard de la lettre

(1) Évaluation de la qualité du filtrage et du séquençage des données brutes

(2) alignement pour éliminer l'ARN ribosomique, l'ARNt, l'Arns srn, etc.

(3) reads statistiques de distribution de longueur avec filtre de longueur

(4) Aligner les génomes de référence

(5) Analyse de saturation par séquençage

(6) Statistiques de distribution et classification des RF sur le génome

(7) Analyse du rythme tribasique

(8) Statistiques génétiques de traduction et analyse du volume d'expression

(9) Analyse de la relation échantillon

(10) Analyse génétique translationnelle différentielle intergroupes

(11) Analyse de l'enrichissement fonctionnel go et kegg des gènes de traduction différentielle

Ribo-séqAnalyse combinée avec RNA - seq

(1) Calcul de l'efficacité de la traduction

(2) Analyse de la corrélation entre ribo - seq et RNA - seq

(3) Analyse de l'association entre l'efficacité de la traduction et le niveau de transcription

Analyser le processus

Le cas expérimental

Demande d'envoi d'échantillons

(1) Échantillons cellulaires: une quantité d'échantillon de 5 × 106 - 1 × 107 est recommandée.

(2) Échantillons de tissus animaux: une quantité d'échantillon ≥ 300 mg est recommandée.

(3) Échantillons de tissus végétaux: une quantité d'échantillon ≥ 500 mg est recommandée.

Groupe d'échantillons

Au moins 2 groupes d'échantillons, y compris le groupe témoin et le Groupe expérimental, nombre d'échantillons recommandé: 3 vs 3.

Références

BrarGA,de WeissmanJS. Le profilage des ribosomes révèle le quoi, quand, où et comment de la synthèse protéique. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015. 16(11):651-664.

ChongC, Coukos G, Bassani-Sternberg M. Identification des antigènes tumoraux avec des immunopeptidomiques. Nat Biotechnol. 2022. 40(2):175-188.

Le freminBJ, Nicolaou C, Bhatt AS. Profilage simultané des ribosomes de centaines de microbes du microbiome humain. Nat Protoc. 2021. 16(10):4676-4691.

IngolieNT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. La stratégie de profilage des ribosomes pour la surveillance de la traduction in vivo par séquençage profond de fragments d'ARNm protégés par les ribosomes. Nat Protoc. 2012. 7(8):1534-1550.

IngolieNT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS. Analyse à l'échelle du génome in vivo de la traduction avec résolution nucléotidique en utilisant le profilage des ribosomes. La science. 2009. 324(5924):218-223.

JuntawongP, Girke T, Bazin J, Bailey-Serres J. Dynamique translationnelle révélée par le profilage à l'échelle du génome des empreintes ribosomiques chez Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2014. 111(1):E203-212.

SawyerEB, Cortes T. Le profilage des ribosomes améliore la compréhension de la traduction mycobactérienne. Microbiologie avant. 2022. 13:976550.

Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. Les épingles à cheveux à ARN en aval répandues dictent dynamiquement la sélection du codon de départ. La nature. 2023. 621(7978):423-430.

Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. La reprogrammation translationnelle globale est une couche fondamentale de la régulation immunitaire chez les plantes. La nature. 2017. 545(7655):487-490.