Séquençage de deuxième génération

Séquençage de deuxième générationPrésentation:

L'épigénétique (epigenetics) est l'un des points chauds actuels de la recherche en biologie moléculaire, et le séquençage de la méthylation de l'ADN est un élément important de l'épigénétique, l'une des principales formes de modification épigénétique de l'ADN génomique. La méthylation de l'ADN fait référence à un moyen modifié de transférer des groupes méthyle sur des bases de cytosine catalysées par des ADN méthyltransférases (dnmt). Il se produit principalement dans les régions riches en îles dinucléotides CPG. Normalement, les îles CpG existent sous une forme non méthylée (forme active) et la méthylation de l'ADN peut entraîner le silence de l'expression génique. L'activité anormale des dnmt est étroitement liée à la maladie. Joue un rôle essentiel dans le maintien de la fonction cellulaire normale, la transmission de l'empreinte génétique du génome, le développement embryonnaire, ainsi que la tumorigenèse humaine.

Les ailes de Shanghai et les organismes ont été traités par bisulfite (bisulfite), le fragment d'intérêt a été amplifié par PCR Multiplex, ajout de Barcode et séquençage de joints universels, dans illumina x10Séquençage de deuxième générationLa plate - forme effectue un séquençage à haut débit des produits de PCR, en utilisant des méthodes bioinformatiques pour calculer avec précision et quantitativement l'état de méthylation des sites de méthylation dans l'intervalle cible, réduisant considérablement les coûts de recherche tout en complétant la détection de la zone cible.

Hi - methylseq combine la conversion des sulfites, la technologie de séquençage à haut débit d'amplicons ciblés pour permettre une analyse quantitative précise de la méthylation à plusieurs segments et sites. Cette méthode s'applique à l'étude de méthylation du fragment d'intérêt, confirmant davantage les sites positifs sélectionnés pour l'étude de méthylation du génome entier dans de grands échantillons.

Le traitement au sulfite lourd est l'étalon - or du traitement de l'ADN génomique dans le séquençage de méthylation de l'ADN, c'est un processus chimique qui peut causer des dommages à l'ADN, il est difficile d'atteindre simultanément une efficacité de conversion de 100% et de maintenir l'intégrité de l'ADN, les deux doivent faire un certain équilibre. Une séquence de 3 segments d'îlots non CpG a été sélectionnée en dehors de la région cible de Hi - methylseq comme contrôle interne pour évaluer avec précision la conversion de l'échantillon.