Protéomique subcellulaire Workflow full Approach (avec spectrométrie de masse et

Protéomique subcellulaire Workflow full Approach (avec spectrométrie de masse etSilac Technology) Detection Technology Service détails Introduction

Dans l'ère post - génomique, la protéomique subcellulaire devient progressivement une orientation de recherche clé pour découvrir la fonction cellulaire, les voies de signalisation et les mécanismes de la maladie. Par rapport à la dànbáizhìomique au niveau de la cellule entière, la recherche au niveau subcellulaire se concentre sur l'expression, la localisation et les changements dynamiques des protéines au sein d'organites spécifiques tels que les mitochondries, le Réticulum endoplasmique, le noyau, etc., fournissant ainsi un support de données à plus haute résolution spatiale.

I. Pourquoi choisir la dànbáizhìomique subcellulaire?

Bien que la dànbáizhìomique traditionnelle ait obtenu de nombreux résultats dans le dépistage des biomarqueurs de la maladie et l'étude des voies de signalisation, sa résolution spatiale est souvent limitée. Par exemple, dans les cellules tumorales, les changements d'expression au niveau du Protéome entier ne reflètent pas directement le phénomène de la relocalisation protéique au niveau des organites.

La dànbáizhìomique subcellulaire, par séparation jīngzhān et analyse quantitative des organites, permet:

• Révéler le transport dynamique des protéines entre les différents organites.

• Identifier les anomalies locales de l'expression des protéines associées à la maladie.

• Reconstruction de la structure du réseau protéique dans la dimension spatio - temporelle.

Dans cette orientation de recherche, l'application conjointe de plates - formes de spectrométrie de masse à haute résolution et de stratégies de marquage quantitatif est particulièrement critique.

II. Processus de travail de base de la dànbáizhìomique subcellulaire

1, préparation des échantillons et séparation des composants subcellulaires

La séparation subcellulaire de haute qualité est la base de l'ensemble du processus. Les approches courantes comprennent:

• Centrifugation différentielle: convient à la séparation grossière de la plupart des organites (par exemple mitochondries, noyaux, vésicules, etc.).

• Centrifugation en gradient de densité (par exemple gradient de sucre ou de percoll): utilisée pour purifier davantage les organites cibles.

• Isolement par immunoaffinité: enrichissement d'organites spécifiques par des anticorps, adapté aux structures cellulaires difficiles à isoler par centrifugation.

• Cartographie subcellulaire de dànbáizhì: combinez des techniques telles que silac pour augmenter la capacité de résolution spatiale.

2, extraction des protéines et coupure enzymatique

Les espèces et l'abondance des protéines varient considérablement dans les différents organites, il est donc nécessaire d'optimiser le système tampon lors de l'extraction des protéines, telles que:

• Pour les échantillons enrichis en módànbái, il est recommandé d'utiliser un détergent hautement salin + non ionique.

• Les composants nucléaires contenant des acides nucléiques doivent ensuite être ajoutés à des enzymes nucléiques pour réduire la viscosité de l'échantillon.

La coupure enzymatique est généralement réalisée avec yídànbáiméi (trypsine), en combinaison avec des Coenzymes telles que lys - C, si nécessaire, pour améliorer l'efficacité de la coupure des protéines complexes.

Détails de la stratégie quantitative: avantages de silac en sous - cellulaire dànbáizhìomique

Qu’est - ce que le silac?

SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture） Est une stratégie de marquage métabolique qui permet une quantification relative des niveaux de dànbáizhì en introduisant des acides aminés contenant des isotopes diazoniques au cours de la culture cellulaire. Ses avantages comprennent:

• Aucune modification chimique n'est nécessaire pour éviter l'introduction de changements non physiologiques.

• Convient aux études de transbordement dynamique.

• Naturellement compatible avec la spectrométrie de masse, haute précision quantitative.

En sous - cellulaire dànbáizhìomique, silac est particulièrement adapté pour:

• Construction de profils de localisation des protéines: différents groupes de marqueurs silac simulent différents organites, extrapolant la localisation par la force de l'étiquette par rapport au modèle de distribution.

• Étude de transport dynamique: variation de la Force des étiquettes silac avant et après le traitement, révélant les tendances de la migration des protéines.

• Comparaison omique dans des conditions de criblage à haut débit.

Silac vs autres techniques quantitatives (TMT, label - free)

Analyse de spectrométrie de masse et interprétation des données

1, choix de l'instrument: haute résolution vs haut débit

La dànbáizhìomique subcellulaire recommande généralement l'utilisation de Spectromètres de masse à haute résolution (par exemple, orbitrap exploris, série timstof) pour améliorer la capacité de détection des étiquettes de protéines et d'isotopes de faible abondance.

2. Processus de traitement des données

Un processus d'analyse typique comprend:

• Prétraitement des données brutes (RAW to mzml).

• Identification et quantification des marqueurs isotopiques (maxquant, Proteome discoverer, etc.

• Assistance logicielle pour la prédiction de la localisation subcellulaire (p. ex., metamass, subcons, etc.).

• Analyse d'enrichissement et notes fonctionnelles (go, kegg, reactome).

Dans les projets réels, le contrôle de la qualité des données est particulièrement crucial. Par exemple:

• La couverture protéique est - elle équilibrée?

• Si la résolution du pic isotopique est suffisante.

• Y a - t - il une perturbation par effet de lot.

La dànbáizhìomique subcellulaire est un pont important entre l'expression des protéines de liaison et la fonction cellulaire. Avec l'augmentation de la sensibilité de la spectrométrie de masse et la diversification des techniques quantitatives, la jīngquèomique au niveau subcellulaire est devenue un moyen de comprendre le phénomène vital complexe bùkěhuòquê. À l'avenir, de nouvelles orientations telles que la multiomique spatiale, la prédiction de localisation assistée par l'IA, la Sous - cytométrie unicellulaire et d'autres élargiront encore les limites de la recherche. La biotechnologie de battlepike optimisera en permanence le processus à guichet unique de traitement d'échantillons - analyse de spectrométrie de masse - interprétation de la lettre de génération, aidant les chercheurs à explorer les mystères de la vie à des résolutions plus élevées.

~ ~

Projets en vedette de Biotech de baitepike

I. séquençage des protéines

Utilisant le nouveau spectromètre de masse obitrap fusion Lumos de thermo Corporation et le système de séquençage de dégradation Edman de Shimadzu Corporation pour l'analyse des séquences de dànbáizhì, battlepike Biotechnology offre des services d'analyse de séquençage de protéines basés sur la spectrométrie de masse, y compris l'analyse de la composition en acides aminés de dànbáizhì, nduāncèxù, cduāncèxù et l'analyse de séquences complètes, ainsi que des services d'analyse de séquences n - terminales de dànbáizhì basés sur la dégradation d'Edman. Pour dànbáizhì de séquences théoriques inconnues, un service de séquençage de Novo dànbáizhì basé sur la méthode de séquençage de novo est fourni pour effectuer l'analyse de la séquence protéique.

※ avantage de service:

1. Avec obitrap fusion Lumos, un instrument de spectrométrie de masse avancé dans le monde;

2. Une couverture de 100% de la séquence protéique cible déterminée peut être obtenue;

3. Peut déterminer jusqu'à 70 séquences d'acides aminés à l'extrémité n de la protéine;

4. Plusieurs formes d'échantillons peuvent être déterminées: solution de protéine, bande de protéine de PVDF;

5. Faible quantité d'échantillon: l'échantillon de protéine a besoin de seulement 5 - 10ug pour compléter l'essai;

Le séquençage n'est pas affecté par les modifications n - terminales telles que la fermeture n - terminale, la Pec et la glycosylation.

II. Dànbáizhì omique

Utilisant la plate - forme de spectrométrie de masse orbitrap fusion Lumos de thermo Fisher en combinaison avec Nano - LC, petitpeck Biotechnology fournit de nombreux services d'analyse dànbáizhìomique tels que la dànbáizhìomique quantitative, la dànbáizhìomique ciblée, la polypeptidomique, la protéomique modifiée post - traductionnelle et bien plus encore. En outre, petitpack Biotech a lancé un nouveau service de 4ddànbáizhì basé sur timstof pro, qui facilite les travaux de recherche tels que la protéomique à micro - échantillons, la médecine à grands échantillons et la modification à haut débit.

※ avantage de service:

1. Analyse quantitative des protéines à haut débit: analyse expérimentale à grande échelle par groupe multicontrôle, découverte de nouveaux biomarqueurs;

2. In Vivo In vitro de nombreuses méthodes de marquage dànbáizhì, adaptées à l'analyse de nombreux échantillons de tissus, de cellules, de sang, etc.;

3. Haute sensibilité d'analyse de spectrométrie de masse, haute répétition des résultats expérimentaux;

4. Protéines de faible abondance détectables, large gamme linéaire;

5. Zhuānyè analyse Bioinformatique, l'analyse est plus systématique et précise.

Iii. Analyse technique en flux par spectrométrie de masse unicellulaire

La biotechnologie de battlepike utilise le système de flux de spectrométrie de masse de fluidigm pour l'analyse de la technologie de flux de spectrométrie de masse unicellulaire, utilisant des marqueurs d'éléments métalliques (généralement des anticorps spécifiques marqués par des éléments métalliques) pour marquer les molécules à la surface et à l'intérieur des cellules, puis isolant les cellules individuelles avec le principe de cellules de flux, puis analysant le spectre de masse atomique des cellules individuelles par spectrométrie de masse à plasma inductif (ICP - MS), zuì après avoir converti les données du spectre de masse atomique en poids d'expression moléculaire signal à la surface et à l'intérieur des cellules.

※ avantage de service:

1. Technologie avancée pour combler les lacunes technologiques

L'utilisation de la technologie d'anticorps de marquage métallique évite le problème des canaux fluorescents en flux traditionnels qui sont peu nombreux et susceptibles d'interagir les uns avec les autres. Avec la caractérisation simultanée de plusieurs indicateurs au niveau unicellulaire, la biotechnologie de petapock peut détecter simultanément 51 protéines cibles.

2. Grand nombre d'analyses, coût inférieur

Rnaseq unicellulaire est limitée par le coût et d'autres facteurs, le nombre d'analyses de toutes les cellules de l'échantillon est généralement d'environ 2 x 10 ^ 4, tandis que la spectrométrie de masse en flux une fois (échantillon unique) peut analyser au moins 10 ^ 5 cellules, ce qui permet d'obtenir des améliorations de L'ordre de grandeur, et le coût n'est pas plus élevé que le rnaseq unicellulaire.

3. Grandes perspectives d'application

① les résultats de la spectrométrie de masse en flux peuvent donner des changements dans les sous - populations cellulaires, avec de grandes perspectives de recherche dans le diagnostic clinique, l'étude des mécanismes de la maladie, etc.;

② combiner la technologie d'étiquette métallique avec d'autres technologies aura une nouvelle direction d'application. En plus des protéines conventionnelles, la technologie cellulaire en flux par spectrométrie de masse peut également être utilisée pour la modification post - traductionnelle des protéines;

③ peut détecter la survie cellulaire, la taille des cellules, la quantité d'expression des transcripteurs d'ARNm, le taux de synthèse de l'ADN, ainsi que l'activité de la protéase, etc.

Analyse immunopolypeptidomique basée sur la spectrométrie de masse de haute précision et découverte de nouveaux antigènes

La solution unique d'analyse immunopolypeptidomique et de découverte de nouveaux antigènes basée sur la spectrométrie de masse de haute précision de battlepike Biotechnology comprend notre programme exclusif d'enrichissement et d'identification d'immunopeptides hautement sensibles. Nous sommes en mesure de vous aider à identifier et identifier plus de 10 000 Polypeptides de type I et plus de 10 000 Polypeptides de type II. L'analyse immunopeptidomique via notre plate - forme d'analyse immunopolypeptidomique optimisée à haut débit permet une identification et une quantification reproductibles à partir de matériaux d'échantillon de petite taille. Le service peut être appliqué à la recherche à grande échelle et vise à aider les chercheurs à trouver des solutions au cancer, aux maladies immunitaires et aux maladies infectieuses, en explorant des cibles inconnues.

V. caractérisation des médicaments biologiques

Batepeck est basé sur la technologie de spectrométrie de masse à haute résolution, MALDI TOF， Technologie de séparation chromatographique à haute efficacité, offrant une gamme de protocoles d'analyse biopharmaceutique pour wánshàn, allant de la composition en acides aminés et de l'analyse structurale primaire de produits biologiques tels que dànbáizhì, POLYPEPTIDES, anticorps, vaccins, à l'analyse de la variabilité et de la pureté du produit. Vise à fournir des services d'analyse biopharmaceutique de haute qualité pour aider les fabricants de médicaments biologiques à améliorer la qualité des médicaments biologiques.

Les sept plates - formes d'inspection de la biotechnologie de battlepike

Petitpeck Biotechnology - caractérisation de produits biologiques, Service de qualité multiomique en spectrométrie de masse biologique

Beijing BaiTai Pike Biotech Co., Ltd. S'engage à fournir des services zhuānyè tels que l'inspection de contrôle de qualité et la vérification de projet pour les industries biologiques / pharmaceutiques et des dispositifs médicaux. Le laboratoire de la société suit les règlements et les directives de la nmpa, de l'ich, de la FDA et de l'EMA, etc., avec la double certification du système de qualité CNAS / ISO9001, un système de qualité complet a été établi, les données sont sauvegardées à chaud et à froid / hors site, les équipements sont régulièrement mesurés / vérifiés pendant la période, le suivi de l'audit logiciel, la solution tout - en - un et les services techniques sont fournis aux clients pour soutenir la recherche et le développement de nouveaux médicaments, l'enregistrement des déclarations de médicaments et la libération de la production.

1. La société adopte le système de contrôle de qualité ISO9001, zhuānyè fournit des services d'analyse de détection cro basés sur la spectrométrie de masse;

2. Reconnu par le laboratoire national CNAS pour fournir aux clients des services de recherche de qualité pharmaceutique conformes à la réglementation pharmaceutique mondiale;

3. Le domaine d'activité couvre dànbáizhì omics, polypeptidomics, Metabolomics, caractérisation biopharmaceutique, analyse unicellulaire, flux de spectrométrie de masse unicellulaire, analyse de nuage de Genesis et analyse intégrée de spectrométrie de masse biologique multiomics, etc.;

4. Sept plates - formes d'inspection de contrôle de qualité pour répondre à vos besoins de service à guichet unique;

5. Service 3000 + entreprises, 10000 + choix du client;

6. Dédié à vous fournir un excellent service d'analyse de spectrométrie de masse biologique!

Protéomique subcellulaire Workflow full Approach (avec spectrométrie de masse etSilac Technology) Detection Technology Service détails Introduction