Expériences d'interaction moléculaire: immunoprécipitation couplée aux UV clip

I. Introduction technique

CLIP (immunoprecipitation croisée) 交联Co - précipitation immunologique), par combinaisonRéticulation UVEt les méthodes de co - précipitation immunologique pour analyser les sites de liaison des interactions protéine - ARN.

II. Principes techniques

La technologie clip utilise l'irradiation UV pour permettre la réticulation covalente de l'ARN intracellulaire avec la protéine de liaison à l'ARN (RBP), puis l'enrichissement des fragments d'ARN liés à des RBP spécifiques par des méthodes d'immunoprécipitation, puis des étapes telles que la transcription inverse et le séquençage à haut débit pour obtenir des informations sur les sites de liaison à l'ARN et les séquences de liaison des RBP in vivo.

Iii. Scénarios d'application

Étude d'interaction protéine - ARN: identifier les sites de liaison de l'ARN et les séquences de liaison de protéines spécifiques dans le corps, révélant le mécanisme d'action des protéines dans la régulation post - transcriptionnelle.

Recherche liée à la maladie: les événements de liaison à l'ARN et les réseaux de régulation associés à l'apparition, au développement de la maladie sont découverts en comparant la liaison à l'ARN de RBP dans des états normaux et pathologiques.

R & D pharmaceutique: fournir de nouvelles cibles et de nouveaux mécanismes d'action pour la R & D pharmaceutique, aider à développer des médicaments ciblant des protéines spécifiques de liaison à l'ARN ou des molécules d'ARN qu'elles régulent.

Analyse bioinformatique: par l'analyse bioinformatique des données Clip - seq, prédire les sites de liaison et les modèles de liaison des protéines de liaison à l'ARN, construire des réseaux de régulation de l'ARN, etc.

Iv. Avantages techniques

1. In vivo Détection in situ: capable de capturer l'interaction des protéines et de l'ARN dans les cellules vivantes, reflétant véritablement l'état physiologique dans le corps.

2. Haute spécificité et purification stricte: le complexe de réticulation purifié par des anticorps spécifiques ou des étiquettes peut éliminer efficacement l'ARN et les protéines liés non spécifiquement et améliorer la crédibilité des résultats.

3. Combiné avec le séquençage à haut débit: combiné avec la technologie de séquençage à haut débit, il est possible d'identifier les sites de liaison à l'ARN et les séquences de liaison de RBP à l'échelle du génome entier pour obtenir des informations riches.

V. types d'échantillons

Cellules fraîches (cellules adhérentes / cellules en suspension), échantillon de cellules après réticulation UV.

Vi. Besoins en échantillons

Échantillons cellulaires: environ 1 × 10 ^ 7 (il peut s'agir d'une boîte de 10 cm ou stockée dans un tube à centrifuger sous forme de cellules en suspension, ou d'un flacon T75);

Échantillon de cellules réticulées: 254 nm, 150 MJ / cm² de cellules traitées par réticulation UV standard.

Vii. Préparation et transport des échantillons

Échantillons de cellules vivantes: les plus proches peuvent transporter des échantillons de cellules fraîches dans des boîtes de conserve / bouteilles T75 / tubes à centrifuger par courrier normal (au plus tard le lendemain), livraison flash ou en personne dans la ville;

Échantillons cellulaires après réticulation: - transport de glace sèche congelée à 80 ° c.

Viii. Réactifs à fournir

Détection avec des anticorps de qualité chip.

Ix. Cycle expérimental

1 - 2 semaines (ne contient pas de séquençage)

X. Autres

Détection ultérieure lorsque vous sélectionnez RT PCR, vous devez fournir les sites de détection ultérieure.